- キャラクターの変更
- ディディーはさらわれてしまったので、代わりにディンキーを操作することになる。ディンキーは水面に向かってローリングしてタイミング良くBを押すことで水切りジャンプをしたり、チームアップでディンキーを上前に投げることでヒビを割ったりすることが出来る。操作感は重め。
- 全体MAP
- 今回はファンキーに乗り物を借りて広いマップを移動することになる。コインを払わなくても自由に出入り可能。
- アイテムの名称の変更
- クレムコイン→ボーナスコイン、バナナコイン→ベアーコインに変更。ベアーコインはバナナコインと違って所持数がセーブされる。
- DKコインの入手法
- DKコインは必ずコインという敵が持っていて、後ろか横から鋼鉄製タンクをぶつけることで入手できる。
- ゴールフラッグ
- ゴールしてもアイテムがもらえることはない。ディンキーでゴールすると青、ディクシーだと赤の旗が揚がり、DKを取っていれば黄色もつく。もし旗がヘタっていれば、ボーナスを取り逃したということ。
- バナナバード
- 真のエンディングを迎えるのに必要な鳥。穴に隠されているか、熊が飼っている。
- コングファミリー
- リンクリーコングはタダでセーブしてくれる。ファンキーコングは乗り物を貸してくれる。MAPの出入りは自由になった。スワンキーコングはミニゲームが出来、対戦相手のクランキーコングに勝つとベアーコイン4枚とバナナ40本がもらえる。